流造を基本とした建築様式で、屋根に置かれた鰹魚木に特徴がある。
鰹魚木の一般的な形は、屋根の棟に対して直角に置かれるが、穂高造では2本の鰹魚木が棟と同じ向きになり、妻面に建てられた千木に立て掛けられる。
穂高神社では海に関係する祭神を祀っている点から、釣り竿や船を水辺に立て掛けた形などに見立てられる。

写真：穂高神社奥社